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PhD - Machine Learning
Frankfurt am Main
Aktualität: 12.09.2024
Anzeigeninhalt:
12.09.2024, Universitätsklinikum Frankfurt
Frankfurt am Main
PhD - Machine Learning
Aufgaben:
Im Rahmen eines DFG-geförderten Forschungsprojektes soll die automatisierte Erkennung und Klassifizierung von Tumorzellen in Liquorproben mittels Deep-Learning-Modellen optimiert werden. Ziel ist es, einen vollständig digitalen Workflow und einen klinisch einsetzbaren Algorithmus zu entwickeln, um die derzeitige Praxis der manuellen Zelldifferenzierung von Liquorproben im Mikroskop grundlegend zu verändern. Die Dissertation soll auf Vorarbeiten (PMID: 36519297; https://github.com/pseegerer/csf_cell_classification ) aufbauen und mit Hilfe eines neuen, multizentrischen Datensets die Zellsegmentierung, die Erkennung von Krebszellen und die Vorhersage des Tumorursprungs zu verbessern.
Datenvorbereitung und Training von Convolutional Neural Networks zur Verbesserung der Erkennung von Krebszellen und der Vorhersage ihres Ursprungs
Vergleich und Auswahl von Zellsegmentierungsalgorithmen und deren Optimierung für Liquorproben
Entwicklung interaktiver Visualisierungsmöglichkeiten und neuer Befundformate für die Diagnostik und kollaborative Forschungsprojekte
Implementierung von erklärbaren KI-Methoden und Confidence Scores zur besseren Interpretierbarkeit der Klassifikationsergebnisse für diagnostische Zwecke
Etablierung eines diagnostischen Workflows für die Deep Learning basierte Analyse von Liquorzellen für eine einjährige klinische Evaluationsphase parallel zur Routinediagnostik
Veröffentlichung der Ergebnisse in wissenschaftlichen Zeitschriften
Präsentation und Diskussion der Forschungsergebnisse auf Konferenzen im In- und Ausland
Qualifikationen:
Masterabschluss in einem verwandten Fachgebiet wie Bioinformatik, Informatik oder Physik erworben und streben eine publikationsbasierte Promotion an
Nachgewiesene Programmiererfahrung in Sprachen wie Python, R oder C++, Frameworks wie PyTorch, TensorFlow oder NumPy und Versionskontrollsystemen wie Git
·Hervorragende Kommunikationsfähigkeiten und die Fähigkeit zur Zusammenarbeit
Sehr gute Englischkenntnisse und gute Deutschkenntnisse (mindestens B2)
Aufgrund gesetzlicher Bestimmungen ist ein gültiger Nachweis der Masernimmunität / Masernschutzimpfung notwendig.
Berufsfeld
Standorte